A história começa quando Yggdrasil, um popular jogo on-line, fecha sem aviso prévio. No entanto, o protagonista, Momonga, decide não deixar o jogo. Então Momonga torna-se "o mais poderoso mago". O mundo continua a mudar com ele e NPCs começam a sentir emoções. Sem família, amigos ou lugar na sociedade, Momonga terá dificuldade para se adaptar ao novo mundo em que o jogo se tornou.